Tahun 2011, kasus leptospirosis di provinsi DIY menempati rangking tertinggi di Indonesia. Jumlah kasusnya mencapai 356 kasus, dengan angka CFR sebesar 6,67% Jumlah kasus leptospirosis di Kota Yogyakarta sebesar 26, korban yang meninggal dunia sebanyak 5 orang. Analisis spasial merupakan suatu analisis dan uraian tentang data penyakit secara geografis berhubungan dengan kependudukan, persebaran, lingkungan, perilaku, sosial, ekonomi, kasus kejadian penyakit dan hubungan antar variabel tersebut dimana masing-masing variabel dapat menjadi faktor risiko terjadinya penyakit leptospirosis. Salah satu cara analisis spasial adalah dengan metode sistem informasi geografis. Jenis penelitian yang digunakan adalah penelitian explanatory research dengan metode observasional serta rancangan kasus kontrol. Tempat penelitian akan dilakukan di RS Kota Yogyakarta, Laboratorium Riset dan Patologi Anatomi FKIK UMY, Laboratorium SIG Fakultas Geografi UGM, serta beberapa kecamatan di Kota Yogyakarta yang warganya pernah dilaporkan terserang leptospirosis. Sampel yang akan digunakan dalam penelitian ini adalah kasus sebanyak 60 orang dan kontrol 60 orang. Analisis data dengan analisis univariat, bivariat dan analisis Indeks Morgan dengan sistem informasi geografis. Hasil penelitian menunjukkan bahwa faktor risiko kejadian leptospirosis di Kota Yogyakarta meliputi: adanya genangan air, kondisi got berair, riwayat banjir, adanya timbunan sampah, jenis pekerjaan, dan adanya luka di kulit. Penentuan faktor risiko berdasarkan nilai p<0,05, OR ≥1 dan 95%CI ≥1. Pola penyebaran penyakit leptospirosis di Kota Yogyakarta berkelompok. Tidak ada hubungan spasial kejadian leptospirosis di Kota Yogyakarta.