Leptospirosis menjadi masalah kesehatan di seluruh dunia khususnya di negara-negara yang memiliki curah hujan tinggi. Tahun 2011, kasus Leptospirosis di DIY menempati rangking tertinggi di Indonesia. Bakteri patogen penyebab Leptospirosis ada dua jenis, yaitu: Leptospira interrogans dan Leptospira icterohaemorrhagic. Bakteri Leptospira biasanya menyerang tikus, baik tikus got maupun tikus rumahan. Metode penelitian adalah observasional. Populasi penelitian adalah semua jenis tikus yang berada di seluruh kecamatan Kota Yogyakarta. Sampel penelitian adalah tikus yang berhasil ditangkap di seluruh wilayah Kota Yogyakarta. Hasil penelitian menunjukkan bahwa prevalensi tikus yang terinfeksi Leptospira sebesar 12.7%. Pada penentuan indeks Moran diperoleh sebesar -0.4151 dan Z -α/2:-2.58. Sedangkan Average Nearest Neighbour diperoleh Z score: 9.569, dan ANN: 3.237 >1.