Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis tingkat Efisiensi Lembaga Pengelola Zakat di Indonesia pada periode 2012-2016. Subjek dalam penelitian ini adalah Organisasi Pengelola Zakat Nasional dengan teknik purposive sampling. Dari 19 OPZ yang tercatat di Kementrian Keuangan, di pilih dua OPZ yaitu Rumah Zakat dan Dompet Dhuafa. Teknik Pengumpulan data menggunakan teknik dokumentasi. Objek yang di teliti adalah laporan keuangan pada periode 2012-2016. Metode yang di gunakan adalah Data Envelopment Analysis (DEA) dengan pendekatan Produksi, orientasi output serta asumsi CRS.Hasil penelitian ini menunjukan efisiensi secara relatif. Organisasi Pengelola Zakat Nasional yaitu Rumah Zakat dengan pendekatan produksi, orientasi output serta asumsi CRS telah Efisiensi dengan skor setiap tahunnya 100%. Pada pendekatan produksi orientasi output serta asumsi CRS Dompet Dhuafa telah Efisiensi pada 3 tahun pertama yaitu pada tahun 2012,2013 dan 2014. Namun pada tahun 2015 terjadi efisiensi dengan skor efisiensi 78,71 dan pada tahun 2016 sebesar 64,33%. Inefisiensi terjadi pada variabel Total aset, biaya sosialisasi, penghimpunan dan penyaluran zakat.