Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui budaya sekolah yang dilaksanakan di sekolah dan untuk mengetahui peranan budaya sekolah yakni budaya religi, budaya kedisiplinan, dan budaya berprestasi dalam memotivasi serta meningkatkan akhlak siswa di SMP Muhammadiyah 3 Yogyakarta. Jenis penelitian ini adalah deskriptif evaluatif. Subyek penelitian ini diambil dari kepala sekolah, dan guru agama. Teknik pengumpulan data yang digunakan dalam penelitian ini dari teori Miles Huberman dengan cara melakukan observasi, wawancara, dan dokumentasi. Analisis data menggunakan reduksi data, penyajian data, menyimpulkan dan verifikasi. Hasil dari penelitian ini menunjukkan bahwa: (1) budaya sekolah di SMP Muhammadiyah 3 cukup baik dengan adanya berbagai macam budaya sekolah yang ada di sekolah tersebut antara lain budaya religi, kedisiplinan dan berprestasi. (2) budaya sekolah yang ada yakni budaya religi, kedisiplinan dan budaya berprestasi di SMP Muhammadiyah 3 Yogyakarta sudah cukup baik dalam peningkatan akhlak siswa, mereka dapat mematuhi, menghormati dan menghargai peraturan yang ada di sekolah.