Kanker rongga mulut merupakan bagian dari kanker kepala dan leher, yang berkembang di setiap tempat dari rongga mulut atau orofaring yang pada umumnya disebabkan oleh Oral Squamous Cell Carcinoma (OSCC). Tujuan dari penelitian ini adalah untuk menemukan senyawa marker dari tumbuhan obat khas Indonesia sebagai agen yang berpotensi untuk antikanker secara komputasi. Metode yang digunakan adalah metode in silico, yaitu dengan melakukan molecular docking menggunakan perangkat lunak PLANTS. Senyawa marker didapatkan dari Farmakope Herbal Indonesia edisi 2008 dan 2011, kemudian senyawa marker dikelompokkan menjadi 4 kelompok, yaitu (i) alkaloid, (ii) flavonoid, (iii) fenolik, (iv) terpenoid dan minyak atsiri, dengan senyawa pembanding yaitu (1S)-6-Chloro-2,3,4,9-Tetrahydro-1H-Carbazole-1Carboxamide (OCZ) yang merupakan ligan asli protein Sirtuin-3 yang diuji, Resveratrol dan Oroxylin A. Analisis hasil penelitian ini berupa perbandingan skor penambatan dari masing-masing golongan senyawa yang diuji dan hasil visualisasi menggunakan aplikasi Visual Molecular Dynamics (VMD). Hasil penelitian ini menunjukkan beberapa senyawa dari masing-masing golongan senyawa marker berpotensi baik sebagai agen antikanker, yaitu shogaol (fenolik) dengan skor penambatan -105.703, piperin (alkaloid) dengan skor 90.1175, filantin (flavonoid) dengan skor -89.7129, dan xanthorizol (terpenoid) dengan skor -86.2055. Skor senyawa pembanding OCZ -90.7912, Resveratrol 78.2063, Oroxylin A -70.5626. Hasil visualisasi menunjukkan bahwa senyawa uji dan senyawa pembanding melekat pada residu yang sama, yaitu threonin ke-227. Dari hasil penambatan molekul senyawa marker dari masing-masing golongan dapat diprediksikan berpotensi sebagai senyawa antikanker oral dengan cara aktivasi enzim Sirtuin-3.