Pelaksanaan pengawasan administrasi terhadap Pegawai Negeri Sipil di Kejaksaan Negeri Ambon telah dilakukan dengan mengacu pada Peraturan Disiplin Pegawai Negeri Sipil berdasarkan Peraturan Pemerintah Nomor 53 Tahun 2010 tentang Disiplin Pegawai Negeri di Kejaksaan Negeri Ambon yaitu dengan pengawasan terhadap seluruh pegawai pada 6 bidang seksi yang ada pada Kantor Kejaksaan Negeri Ambon, dengan dibuat absen untuk ditandatangani pada saat jam masuk kantor dan jam pulang kantor yang kemudian dievaluasi kemudian dijatuhi hukuman berupa sanksi dengan melihat jenis-jenis pelanggaran yang dilakukan baru nantinya dijatuhkan hukuman administrasi.