Sistem pemungutan Pajak di Indonesia adalah Self assessment system sebagai pengganti sistem Official assessment. Upaya untuk mendapatkan penerimaan pajak yang optimal dengan sistem pemungutan pajak secara Self assessment system, tidak hanya mengandalkan pemerintah tapi juga diperlukan sikap baik dari para wajib pajak, yaitu kesadaran dan kepatuhan diri terhadap pemenuhan kewajiban perpajakan. Dengan begitu pelaksanaan Self assessment system dapat berjalan dengan baik. Meskipun demikian, pemeriksaan tetap harus dilakukan, karena ternyata masih banyak wajib pajak yang tingkat kepatuhannya masih rendah setelah dilakukan pemeriksaan berdasarkan norma-norma pengukuran tertentu, yaitu dengan sistem kriteria seleksi. Selanjutnya menyusul pemeriksaan yang dilakukan terhadap wajib pajak tertentu dan wajib pajak yang tingkat kepatuhannya masih rendah. Tujuan penelitian ini untuk mengetahui pelaksanaan Self assessment system dan hambatan pelaksanaan Self assessment system . Serta berapa besar pengaruh Self assessment system terhadap Penerimaan Pajak. Penelitian ini dilakukan pada Kantor Pelayanan Pajak Pratama Kebumen., pengumpulan data diambil dari laporan wajib pajak yang terdaftar. Hasil penelitian menunjukan bahwa secara parsial pelaksanaan Self assessment system berpengaruh positif terhadap Penerimaan Pajak dan hambatan pelaksanaan Self assessment system yaitu faktor Pendidikan, Citra Pajak, Kesadaran dan Kepatuhan Masyarakat, Kejujuran dan Lemahnya Penegakan Hukum.